Arrêts de travail plafonnés à 31 et 62 jours depuis le 1er septembre : ce que ça change en paie

Une réforme discrète qui va occuper vos services paie tout l'automne

Pendant que tout le monde regardait la facturation électronique arriver, un autre texte est entré en vigueur le 1er septembre 2026, avec beaucoup moins de publicité et beaucoup plus d'effets quotidiens sur la gestion sociale : le plafonnement de la durée des arrêts de travail.

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel du 13 juin, applique l'article 81 de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026. Il crée l'article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale. Un second décret du même jour, le n° 2026-499, renforce en parallèle le contrôle médical.

La règle tient en une ligne. Pour tout arrêt prescrit ou prolongé à compter du 1er septembre 2026 : la première prescription ne peut pas excéder 31 jours, chaque prolongation est plafonnée à 62 jours.

Ça paraît anodin. Ça ne l'est pas du tout quand on gère la paie de vingt personnes.

Ce que le texte dit vraiment — et ce qu'il ne dit pas

Premier malentendu à lever, parce que je l'entends dix fois par semaine depuis la rentrée : ce n'est pas une limitation de la durée totale d'un arrêt maladie. Un salarié en affection de longue durée peut toujours être arrêté pendant des mois. Ce qui change, c'est le rythme des prescriptions.

Le plafond fixé par le décret n'est pas un couperet absolu. Le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme peut le dépasser s'il justifie médicalement sa décision, en tenant compte notamment des recommandations de la Haute Autorité de santé. Hospitalisation, suites opératoires lourdes, pathologie chronique : les dérogations existent et sont prévues.

Deuxième précision : aucune rétroactivité. Les arrêts en cours au 31 août 2026 ne sont pas affectés — jusqu'à leur prochain renouvellement, qui lui relèvera des nouvelles règles. Troisième précision, plus technique : ces plafonds ne s'appliquent pas à Mayotte.

Enfin, les durées maximales d'indemnisation n'ont pas changé : 360 jours d'indemnités journalières sur une période de trois ans pour une maladie ordinaire, trois ans pour une affection de longue durée.

L'effet mécanique : plus d'avis, plus de risques d'oubli

Prenons un cas très banal. Marie, assistante commerciale dans une PME de 18 salariés, est arrêtée pour une lombalgie invalidante pendant quatre mois.

Avant le 1er septembre, son médecin pouvait prescrire un arrêt initial de deux mois, puis une prolongation de deux mois. Deux avis d'arrêt de travail, deux signalements en DSN, deux attestations de salaire. Depuis le 1er septembre : un arrêt initial de 31 jours maximum, puis des prolongations qui, en pratique, suivront souvent le rythme des consultations — deux à quatre semaines. Résultat ? Cinq ou six avis à traiter au lieu de deux.

Multipliez ça par le nombre d'arrêts longs dans l'entreprise. Une PME de 50 salariés avec un taux d'absentéisme maladie de 5 % traite facilement une quinzaine d'arrêts longs par an. On passe de 30 à 80 événements de paie à gérer. Le travail ne change pas de nature, il change de volume.

Et c'est là que ça se complique : chaque avis manquant, c'est une IJSS non versée, une subrogation qui saute, et un salarié qui appelle le gérant parce qu'il n'a rien touché.

Le risque numéro un : la subrogation qui déraille

Beaucoup d'employeurs pratiquent la subrogation — l'entreprise maintient le salaire et perçoit directement les indemnités journalières de la CPAM. C'est confortable pour le salarié, et c'est une avance de trésorerie pour l'employeur.

Avec des prescriptions fractionnées, la chaîne se fragilise. Un avis de prolongation qui arrive avec cinq jours de retard, et la caisse suspend le versement. L'entreprise a déjà payé le salaire maintenu. Elle attend son remboursement.

Chiffrons. Salarié à 2 400 EUR bruts mensuels, arrêté quatre mois. Les IJSS sont plafonnées à 1,4 SMIC depuis 2025, ce qui donne un maximum de l'ordre de 43 EUR bruts par jour en 2026 avec un SMIC horaire à 12,31 EUR. Pour ce salarié, l'indemnité journalière tourne autour de 39 EUR, soit environ 1 170 EUR par mois. Sur quatre mois : près de 4 700 EUR que l'entreprise avance et attend. Deux ou trois dossiers en même temps dans une TPE, et le découvert n'est pas loin.

Le maintien de salaire, lui, ne bouge pas

Rassurons tout de suite : le régime du maintien de salaire légal reste inchangé. L'article L. 1226-1 du code du travail et l'article D. 1226-1 continuent de s'appliquer dans les mêmes termes.

Pour mémoire, le socle légal suppose une ancienneté d'au moins un an, un arrêt justifié dans les 48 heures, une prise en charge par la sécurité sociale et des soins reçus en France ou dans l'Espace économique européen. Le délai de carence de sept jours s'applique pour la maladie non professionnelle, pas pour l'accident du travail ni la maladie professionnelle. L'indemnisation complémentaire couvre 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis les deux tiers pendant les 30 suivants, avec une durée qui augmente de 10 jours par tranche de cinq ans d'ancienneté.

Regardez votre convention collective avant d'appliquer le socle légal. Dans le bâtiment, la métallurgie, les bureaux d'études ou l'hôtellerie-restauration, les dispositions conventionnelles sont souvent bien plus favorables : maintien intégral, suppression de la carence, ancienneté requise réduite à quelques mois. C'est le texte le plus favorable qui s'applique.

Ce qui change en revanche, c'est le suivi. Le fractionnement des arrêts ne remet pas le compteur de carence à zéro tant qu'il s'agit d'un même arrêt prolongé sans interruption. Une prolongation n'est pas un nouvel arrêt. Attention à ne pas appliquer sept jours de carence à chaque avis — c'est une erreur que je vois déjà apparaître dans des bulletins de septembre, et elle coûte cher en régularisation.

Le contrôle renforcé, l'autre volet du 12 juin

Le décret n° 2026-499 du même jour muscle le dispositif de contrôle. L'objectif affiché par le gouvernement est clair : les arrêts de travail représentent un poste de dépense qui a fortement progressé, et Bercy cherche des économies.

Pour l'employeur, le levier de la contre-visite médicale reste ouvert. Elle est prévue par l'article L. 1226-1 du code du travail et encadrée par le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024, qui a précisé les obligations d'information du salarié sur son lieu de repos et ses horaires de sortie.

Mon conseil sur ce point : utilisez-la avec discernement. Une contre-visite déclenchée sur un salarié de confiance qui traverse un vrai problème de santé détruit une relation de travail pour des années. Sur une situation qui pose objectivement question — arrêts systématiquement accolés à des week-ends, refus de communiquer les horaires de sortie —, c'est un outil légitime.

Le process à mettre en place, en cinq points

1. Un tableau de suivi des arrêts en cours, avec pour chaque salarié la date de fin de l'avis en cours. Sans ce tableau, personne ne voit qu'une prolongation manque avant la clôture de paie.
2. Une relance automatique à J-3 de la fin d'arrêt. Un simple message au salarié : « votre arrêt se termine vendredi, merci de nous transmettre soit votre reprise, soit votre prolongation ». Cette relance élimine 80 % des incidents.
3. Le signalement DSN dans les délais. Le signalement d'arrêt de travail doit partir dans les cinq jours suivant la connaissance de l'arrêt. Avec des avis plus nombreux, c'est le point où les oublis se concentrent.
4. Un contrôle mensuel des IJSS reçues pour les entreprises en subrogation. Comparez ce que vous avez avancé et ce que la caisse a versé. L'écart doit être expliqué, pas constaté en fin d'exercice.
5. Une note d'information aux salariés. Expliquez la nouvelle règle, rappelez le délai de 48 heures, donnez le nom de la personne à qui envoyer les avis. Deux paragraphes suffisent.

Ce que j'observe déjà sur le terrain

Deux semaines après l'entrée en vigueur, les premiers effets sont visibles chez les clients que j'accompagne. Les cabinets comptables et les services RH reçoivent plus d'avis, souvent en fin de semaine, et les gestionnaires de paie passent du temps à courir après des documents.

Ce que je recommande à mes clients : anticipez le mois de novembre. C'est historiquement le pic d'arrêts maladie de l'année, avec les épidémies saisonnières. Un système de suivi bricolé sur un tableur qui tient bon en septembre avec trois arrêts en cours craque en novembre avec douze. Mettez l'outil en place maintenant, pendant que le volume est gérable.

Deuxième observation : les entreprises qui ont anticipé sont celles qui avaient déjà un logiciel de gestion sociale correctement paramétré. Celles qui gèrent encore leurs absences sur un agenda papier découvrent la difficulté. Ce n'est pas une question de taille — j'ai des clients de six salariés parfaitement organisés et des structures de quarante qui naviguent à vue.

Dernier point, et pas le moindre : parlez-en à votre expert-comptable si vous lui déléguez la paie. Demandez-lui comment il a adapté son process de collecte des arrêts. S'il vous répond que rien ne change, insistez. Le volume d'avis va doubler sur les arrêts longs, et c'est lui qui portera les régularisations si un signalement DSN passe à la trappe.

Bref, cette réforme n'est pas un séisme juridique. C'est une contrainte opérationnelle. Ceux qui outillent leur suivi dès maintenant n'y penseront plus dans deux mois. Les autres passeront leur automne à rattraper des bulletins.