Autoliquidation de TVA en sous-traitance : la facture électronique va mettre vos erreurs en pleine lumière

Un mécanisme vieux de douze ans, des erreurs toujours aussi fréquentes

L'autoliquidation de TVA dans le bâtiment n'est pas une nouveauté. Le dispositif existe depuis le 1er janvier 2014 et il figurait au 2 nonies de l'article 283 du code général des impôts avant que la TVA ne déménage vers le Code des impositions sur les biens et services, cette rentrée, par l'effet de l'ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025.

Douze ans, donc. Et pourtant, sur le terrain, c'est l'un des premiers postes de rectification en contrôle fiscal dans le BTP. Je vois passer chaque année des dossiers où le sous-traitant a facturé avec TVA alors qu'il ne devait pas, où le donneur d'ordre a déduit une TVA qui n'était pas due, ou — le cas le plus coûteux — où personne n'a autoliquidé quoi que ce soit.

Jusqu'ici, ces erreurs restaient largement invisibles. Il fallait qu'un vérificateur ouvre les liasses, remonte les contrats et rapproche les factures. Autrement dit : il fallait un contrôle. Depuis le 1er septembre, la donne change.

Pourquoi cette rentrée change tout

Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie à la TVA établie en France doit être en capacité de recevoir ses factures au format électronique structuré, via une plateforme agréée. Les grandes entreprises et les ETI doivent en plus émettre par ce canal, les TPE, PME et micro-entreprises disposant d'un an de plus, jusqu'au 1er septembre 2027.

Ce que beaucoup d'artisans n'ont pas encore mesuré, c'est ce que « format structuré » veut dire concrètement. Sur un PDF classique, la mention « Autoliquidation » est une ligne de texte au bas du document. Personne ne la lit, sauf votre comptable. Dans une facture électronique structurée, cette même information devient une donnée typée, avec un code de catégorie de TVA et un motif d'exonération renseignés dans des champs dédiés, transmis à votre plateforme puis, pour les données de facturation attendues par l'administration, à la DGFiP.

Résultat ? Une facture de sous-traitance émise hors taxe sans le bon codage, ou codée en autoliquidation alors que l'opération n'y ouvrait pas droit, devient détectable par requête. Sans contrôle sur place. Sans vérificateur. Par simple recoupement entre ce que le sous-traitant a déclaré et ce que le donneur d'ordre a porté sur sa déclaration.

Qui doit autoliquider, exactement

Reprenons la règle proprement, parce que l'imprécision est la source de la plupart des erreurs. Trois conditions doivent être réunies simultanément.

1. Il s'agit de travaux immobiliers. Construction, réparation, nettoyage, entretien, transformation, démolition, exécutés en relation avec un bien immobilier. La notion est large : elle couvre le gros œuvre comme le second œuvre, la plomberie, l'électricité, la couverture, la peinture, l'installation d'équipements qui s'incorporent au bâti.
2. La relation est une véritable sous-traitance. Au sens de la loi n° 75-1334 du 31 décembre 1975 : une entreprise principale confie à une autre l'exécution de tout ou partie d'un marché qu'elle a elle-même conclu avec un maître d'ouvrage.
3. Le preneur est assujetti à la TVA en France et redevable de la taxe.

Quand ces trois conditions sont remplies, le sous-traitant facture hors taxe et le donneur d'ordre autoliquide : il collecte la TVA sur sa propre déclaration et la déduit dans les conditions de droit commun. Opération neutre en trésorerie pour lui, à condition d'être déclarée des deux côtés.

Ce qui n'entre pas dans le dispositif

Beaucoup d'entrepreneurs ignorent que le champ d'application s'arrête assez vite. Voici les exclusions les plus fréquentes, et celles qui génèrent le plus de redressements.

• Les travaux facturés directement au maître d'ouvrage. Si vous intervenez pour le compte d'un client final, même professionnel, vous n'êtes pas sous-traitant. Vous facturez avec TVA, point.
• La livraison de matériaux sans pose. Vendre des menuiseries à une entreprise générale, c'est une livraison de biens, pas un travail immobilier. TVA normale.
• La location de matériel sans opérateur. Une grue louée nue reste une location. Avec chauffeur et intégration au chantier, l'analyse peut basculer — d'où l'intérêt de rédiger clairement le contrat.
• Les prestations intellectuelles. Études, maîtrise d'œuvre, coordination SPS, missions de bureau de contrôle : hors dispositif.
• Le nettoyage courant de locaux facturé indépendamment d'un chantier. En revanche, le nettoyage de fin de chantier, accessoire aux travaux, suit le régime des travaux.
• Les travaux réalisés pour un particulier, évidemment, puisque le preneur n'est pas assujetti.

Le cas du sous-traitant en franchise en base

Voilà un point sur lequel je lis des choses fausses à peu près partout, y compris sur des sites qui se présentent comme spécialisés. Alors autant le poser clairement.

Un sous-traitant qui bénéficie de la franchise en base de TVA n'est pas redevable de la taxe. Il facture donc hors taxe, mais pas au titre de l'autoliquidation : au titre de la franchise. Sa facture porte la mention de franchise — désormais « TVA non applicable, art. L. 223-3 du CIBS » depuis la recodification de cette rentrée — et le donneur d'ordre n'a rien à autoliquider sur cette facture.

La différence n'est pas cosmétique. Un donneur d'ordre qui autoliquide par réflexe une facture de micro-entrepreneur en franchise déclare une TVA collectée qui n'existe pas, et déduit une TVA qui n'est pas déductible. Il s'expose à un rappel sur la déduction, et il devra se battre pour récupérer la collecte indue.

La mention sur la facture : soignez-la maintenant

La facture du sous-traitant doit porter, outre les mentions habituelles, l'indication que la taxe est due par le preneur. Le libellé consacré est « Autoliquidation » ou, mieux, « Autoliquidation — TVA due par le preneur en application des règles applicables aux travaux de sous-traitance dans le bâtiment ».

Un défaut de mention obligatoire sur facture est sanctionné par l'amende de l'article 1737 du CGI : 15 EUR par mention manquante, dans la limite du quart du montant de la facture. Sur une facture de 800 EUR, l'enjeu est modeste. Sur un lot de deux cents factures mal paramétrées dans un logiciel, le total devient sérieux.

Depuis la recodification de septembre, si votre modèle de facture cite un numéro d'article du CGI pour justifier l'autoliquidation, prenez dix minutes pour le vérifier : la numérotation a changé de code. Une tolérance court jusqu'au 31 décembre 2027 sur les documents citant les anciennes références, ce qui vous laisse le temps — mais le libellé « Autoliquidation », lui, reste valable et lisible par tous. À mon sens, c'est la formulation à privilégier : elle ne dépend d'aucun numéro d'article.

Les sanctions, en chiffres

Le cœur du risque n'est pas la mention. C'est l'oubli de déclarer.

Le 4 de l'article 1788 A du CGI prévoit une amende égale à 5 % de la somme déductible lorsque le redevable a omis de mentionner sur sa déclaration la taxe qu'il devait autoliquider. Cette amende a été jugée conforme à la Constitution par le Conseil constitutionnel, elle n'est donc pas contestable dans son principe.

Chiffrons sur un cas réel. Une entreprise générale de maçonnerie confie 320 000 EUR de travaux à des sous-traitants sur un exercice. Elle reçoit les factures hors taxe, les paie, les comptabilise — mais son comptable ne renseigne jamais la ligne d'autoliquidation sur les déclarations. La TVA à autoliquider représente 64 000 EUR. L'amende ressort à 3 200 EUR, à laquelle s'ajoutent les intérêts de retard de l'article 1727 du CGI, à 0,20 % par mois.

Et si l'administration considère que la déduction n'était pas justifiée faute de déclaration, on ne parle plus de 3 200 EUR mais d'un rappel sur les 64 000 EUR. C'est là que des entreprises saines se retrouvent avec un problème de trésorerie majeur.

Trois situations de terrain

Le plombier qui facture avec TVA « pour être tranquille »

Prenons un plombier installé près de Lyon, 4 500 EUR de chiffre d'affaires mensuel moyen en sous-traitance pour deux entreprises générales. Il facture avec 20 % de TVA parce que « comme ça, personne ne me reproche rien ». Erreur. Il collecte une TVA qui n'était pas due, ses donneurs d'ordre déduisent une TVA non déductible, et en cas de contrôle chez eux, c'est leur déduction qui est remise en cause — avec un recours contre lui, forcément désagréable pour la relation commerciale.

La chaîne à trois niveaux

Une entreprise générale sous-traite l'électricité à un premier électricien, qui sous-traite lui-même le tirage de câbles à un confrère. L'autoliquidation s'applique à chaque niveau : le second électricien facture hors taxe au premier, qui autoliquide ; le premier facture hors taxe à l'entreprise générale, qui autoliquide à son tour. Chaque maillon doit être correctement traité. Un seul maillon avec TVA facturée casse la chaîne.

Le sous-traitant qui devient co-traitant

Sur les marchés publics et les grosses opérations privées, les montages en groupement d'entreprises sont fréquents. En co-traitance, chaque entreprise contracte directement avec le maître d'ouvrage : ce n'est pas de la sous-traitance, l'autoliquidation ne s'applique pas et chacun facture avec TVA. J'insiste, parce que le passage d'un montage à l'autre au cours d'une négociation est courant et que le régime de TVA suit — alors que le paramétrage de facturation, souvent, ne suit pas.

Ce que je recommande de faire cet automne

1. Sortir la liste de vos comptes fournisseurs sous-traitants et vérifier, pour chacun, le numéro de TVA et le régime applicable. Une ligne par fournisseur, une demi-journée de travail.
2. Contrôler vos six dernières déclarations de TVA : la base autoliquidée déclarée correspond-elle au total des factures de sous-traitance reçues hors taxe sur la période ? Cet écart se calcule en une heure et il vaut mieux le trouver soi-même.
3. Nettoyer vos modèles de facture côté sous-traitance : libellé « Autoliquidation » explicite, référence d'article à jour ou supprimée, aucune ligne de TVA parasite.
4. Vérifier le paramétrage de votre outil de facturation pour la sortie en format structuré : le code de catégorie de TVA et le motif d'exonération doivent être renseignés, pas seulement une phrase en pied de facture.
5. Formaliser vos contrats de sous-traitance. En cas de contrôle, la preuve de la relation de sous-traitance vous incombe. Un devis accepté par mail ne suffit pas toujours ; un contrat écrit désignant le marché principal et le maître d'ouvrage, oui.

Dans les faits, la réforme de la facturation électronique ne modifie pas d'un iota les règles de l'autoliquidation. Elle les rend simplement applicables. C'est une nuance considérable pour toutes les entreprises qui vivaient depuis des années avec une pratique approximative que personne n'était venu regarder de près. L'expérience montre qu'un dossier corrigé spontanément coûte dix fois moins cher qu'un dossier redressé. Nous sommes précisément dans la fenêtre où la correction spontanée est encore possible.