Arrêts maladie : l'indemnisation tombe à un an au 15 octobre, les employeurs en première ligne

Une mesure discrète avec des effets très concrets

Le décret n° 2026-866, publié le 16 septembre 2026, entre en application le 15 octobre 2026. Son objet tient en une ligne : réduire de trois ans à un an la durée maximale pendant laquelle l'Assurance maladie verse des indemnités journalières pour les arrêts de travail longs liés à une affection de longue durée qui n'ouvre pas droit à l'exonération du ticket modérateur.

Sur le papier, ça ressemble à un ajustement technique entre la CPAM et l'assuré. L'employeur n'apparaît nulle part dans le texte. Dans les faits, c'est lui qui va encaisser une partie du choc, et la plupart des dirigeants que je croise n'ont pas encore fait le lien.

Ce décret arrive par ailleurs quelques semaines après une autre réforme : depuis le 1er septembre 2026, un arrêt initial ne peut plus dépasser 31 jours et chaque prolongation est plafonnée à 62 jours. Deux textes, deux logiques, un même objectif budgétaire. Mais ce sont bien deux sujets distincts : l'un encadre la durée de prescription, l'autre la durée d'indemnisation.

Rappel : comment se calcule la durée d'indemnisation

Beaucoup d'employeurs confondent deux règles qui n'ont rien à voir.

La règle de droit commun : un salarié peut percevoir au maximum 360 indemnités journalières sur une période de trois ans glissants. Ce plafond vise les arrêts fractionnés, ceux qui se succèdent pour des motifs différents.

La règle dérogatoire : lorsque le salarié souffre d'une affection de longue durée au sens de l'article L. 324-1 du code de la sécurité sociale — c'est-à-dire une maladie nécessitant une interruption de travail ou des soins continus de plus de six mois —, il bascule dans un régime spécifique autorisant jusqu'à trois ans d'indemnisation continue.

C'est cette seconde règle que le décret vient resserrer. Et la distinction qu'il introduit mérite qu'on s'y attarde, parce qu'elle est contre-intuitive.

ALD exonérante, ALD non exonérante : la frontière qui change tout

Une affection de longue durée exonérante est une pathologie qui ouvre droit à la prise en charge à 100 % des soins par l'Assurance maladie, au titre des 3° et 4° de l'article L. 160-14 du code de la sécurité sociale. On y trouve les trente affections de la liste officielle — cancers, diabète, insuffisance cardiaque grave, sclérose en plaques, et les autres — ainsi que les formes graves hors liste et les polypathologies.

Une ALD non exonérante, c'est une affection longue qui justifie un arrêt prolongé mais sans prise en charge intégrale des frais de santé. Typiquement : une lombalgie chronique invalidante, une dépression réactionnelle longue, les suites d'une fracture complexe, un burn-out sévère.

Le décret trace la ligne exactement là :

• ALD exonérante : durée maximale d'indemnisation maintenue à 3 ans. Rien ne change.
• ALD non exonérante : durée maximale ramenée à 1 an.

Une nouvelle période d'un an ne peut s'ouvrir qu'après une reprise effective du travail pendant au moins douze mois. Autrement dit, un salarié qui reprend six mois puis rechute ne récupère pas de nouveaux droits.

Pourquoi l'employeur est concerné au premier chef

On pourrait se dire que c'est une affaire entre le salarié et sa caisse. Ce serait passer à côté de quatre mécanismes qui touchent directement la paie et la gestion des ressources humaines.

1. La subrogation

Si vous pratiquez la subrogation — vous maintenez le salaire et percevez les IJSS à la place du salarié —, l'arrêt du versement par la CPAM vous laisse avec une avance non remboursée. Les entreprises qui ne surveillent pas les décomptes CPAM découvrent le problème deux ou trois mois plus tard, quand le rapprochement comptable fait apparaître un écart.

Prenons un cas chiffré. Un technicien de maintenance à Toulouse, 2 600 EUR bruts mensuels, en arrêt depuis quatorze mois pour une lombalgie chronique non reconnue en ALD exonérante. Sous l'ancien régime, les IJSS continuaient. Sous le nouveau, elles s'arrêtent au bout d'un an. Si l'entreprise maintient le salaire en subrogation sans s'en rendre compte, elle avance environ 1 300 EUR par mois d'IJSS qui ne reviendront jamais. Sur trois mois, c'est près de 4 000 EUR de trésorerie perdue.

2. Le maintien de salaire conventionnel

L'obligation légale de maintien de salaire, prévue à l'article L. 1226-1 du code du travail, est limitée dans le temps : trente à quatre-vingt-dix jours selon l'ancienneté, et elle vient en complément des IJSS. Jusque-là, pas de difficulté.

Le problème vient des conventions collectives. Beaucoup garantissent un maintien à 100 % du net pendant plusieurs mois, parfois davantage pour les cadres. Or certaines rédactions calculent la part patronale « sous déduction des indemnités journalières de sécurité sociale », sans préciser s'il s'agit des IJSS réellement perçues ou des IJSS théoriques. Quand la CPAM cesse de payer, la question devient brûlante : l'employeur doit-il combler le trou ?

La jurisprudence retient en général les IJSS que le salarié perçoit effectivement, sauf si la suspension résulte d'une faute de sa part (défaut de transmission de l'arrêt, refus de contrôle). Une cessation de droits pour épuisement de la durée maximale n'est pas une faute du salarié. Le risque de devoir assumer le complément intégral est donc réel pour les conventions mal rédigées.

3. La prévoyance

C'est le point que je recommande de traiter en priorité. Les contrats de prévoyance collective prennent le relais au terme du maintien de salaire conventionnel, généralement à partir du 90e jour d'arrêt. Leurs garanties sont presque toujours exprimées « en complément des prestations de la sécurité sociale ».

Deux rédactions coexistent, et elles ne produisent pas du tout le même résultat :

• Le contrat complète les IJSS réellement versées : quand la CPAM s'arrête, l'assureur bascule souvent sur un régime d'invalidité, ou cesse lui aussi. Risque de rupture nette de revenu pour le salarié, et de conflit avec l'employeur qui a souscrit le contrat.
• Le contrat complète des IJSS reconstituées ou théoriques : l'assureur maintient sa prestation comme si la sécurité sociale payait toujours. Bien plus protecteur, mais pas la rédaction la plus répandue.

Appelez votre courtier. Posez la question en une phrase : « que se passe-t-il dans mon contrat quand les IJSS cessent au titre de l'épuisement de la durée maximale d'indemnisation ? » La réponse écrite de l'assureur vaut mieux qu'une interprétation maison.

4. La gestion RH de la sortie d'arrêt

Quand l'indemnisation s'arrête à douze mois, le dossier ne disparaît pas : il change de nature. Le salarié peut être orienté vers une pension d'invalidité, demander un temps partiel thérapeutique, ou se diriger vers une procédure d'inaptitude après visite de reprise.

Pour l'employeur, ça signifie des décisions à prendre plus tôt qu'avant. Là où un arrêt pouvait se prolonger trois ans sans que la question se pose, elle va désormais se poser au bout de douze à quatorze mois. Le contrat reste suspendu, l'obligation de reclassement subsiste, et le poste reste à pourvoir.

Ce qu'il faut faire concrètement, et vite

En pratique, voici la séquence que je conseille aux dirigeants et aux responsables paie.

1. Recensez vos arrêts en cours. Pour chaque salarié absent, notez la date de début et la nature de l'affection si elle vous est connue. Vous n'avez pas accès au diagnostic, mais la durée écoulée suffit à identifier les dossiers sensibles.
2. Repérez ceux qui franchiront six mois après le 15 octobre. Ce sont eux qui basculeront dans le nouveau régime. Les autres restent sous l'ancien.
3. Relisez l'article maladie de votre convention collective. Vérifiez la formulation exacte de la déduction des IJSS. Si elle est ambiguë, faites-la analyser.
4. Interrogez votre organisme de prévoyance par écrit. Demandez le traitement des cas de cessation d'IJSS pour épuisement des droits.
5. Révisez votre pratique de subrogation. Mettez en place un contrôle mensuel des décomptes CPAM. Un écart détecté en trente jours se traite ; un écart détecté en six mois devient une perte sèche.
6. Anticipez les visites de reprise. Sur les arrêts longs, prenez contact avec le médecin du travail avant la reprise envisagée plutôt qu'après.

Une remarque sur le fond

À mon sens, cette réforme déplace un coût plus qu'elle ne le supprime. Les arrêts longs ne vont pas disparaître parce que l'indemnisation s'arrête plus tôt. Ce qui va se produire, c'est un transfert vers l'invalidité, vers les contrats de prévoyance — dont les cotisations finiront par augmenter — et vers les entreprises.

Pour un employeur, la conclusion reste la même qu'avant : le meilleur moyen de limiter l'impact financier d'un arrêt long, c'est d'éviter qu'il se produise. Les entreprises qui investissent sérieusement dans la prévention des troubles musculo-squelettiques et des risques psychosociaux — celles qui font vivre leur document unique au lieu de le ressortir au moment du contrôle — affichent des taux d'absentéisme nettement inférieurs. Ce n'est pas de la morale, c'est de l'arithmétique.

Bref, le 15 octobre arrive. Quelques heures de vérification maintenant valent mieux qu'une mauvaise surprise au printemps.