Arrêts de travail plafonnés au 1er septembre : 31 jours, 62 jours, et ce que ça change pour votre paie

Une réforme pensée pour les prescripteurs, mais qui atterrit sur votre bulletin de paie

Le 1er septembre 2026, une nouvelle règle entre en vigueur sur les arrêts de travail. Elle a été présentée comme une mesure de maîtrise des dépenses d'assurance maladie, discutée entre l'État et les médecins, commentée dans la presse sous l'angle des droits des salariés. Très peu de gens l'ont regardée depuis le poste du gestionnaire de paie d'une PME.

C'est dommage, parce que c'est là qu'elle produit ses effets les plus concrets.

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d'indemnités journalières, pose un principe simple : à compter du 1er septembre 2026, un arrêt de travail ne peut plus être prescrit pour une durée illimitée. 31 jours au maximum pour une première prescription. 62 jours au maximum pour une prolongation. Au-delà de trois mois cumulés, le prescripteur peut être amené à solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'assurance maladie.

Le médecin traitant, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste conservent la possibilité de déroger à ce plafond. Mais pas d'un trait de plume : la dérogation doit être justifiée sur l'arrêt lui-même, au regard de l'état du patient et, lorsqu'elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Pourquoi vous allez le sentir passer en gestion

Voilà le raisonnement que je fais faire à mes clients employeurs, et qui déclenche généralement une prise de conscience rapide.

Prenons une situation banale. Un salarié en arrêt pour une lombalgie invalidante, sur quatre mois. Jusqu'à présent, le scénario le plus fréquent était : un arrêt initial de trois semaines, puis une prolongation de trois mois. Deux documents, deux signalements, deux attestations de salaire.

À partir de septembre, la même situation produira : un arrêt initial de 31 jours maximum, puis une prolongation de 62 jours maximum, puis une nouvelle prolongation. Trois documents au minimum, potentiellement quatre. Et chaque document déclenche la même mécanique administrative de votre côté.

Concrètement, pour chaque séquence, votre service paie doit :

• réceptionner et enregistrer le volet employeur dans les délais impartis par la convention collective ou le règlement intérieur, souvent 48 heures ;
• émettre le signalement d'arrêt de travail en DSN événementielle, dans les cinq jours ouvrés suivant la connaissance de l'événement ;
• gérer l'attestation de salaire ou son équivalent dématérialisé ;
• recalculer le maintien de salaire et la subrogation le cas échéant ;
• suivre le retour effectif du salarié à la date de fin de prescription.

Multipliez par le nombre d'arrêts longs dans votre effectif. Une entreprise de 40 salariés qui compte en moyenne trois arrêts de plus de deux mois par an passera de six à une douzaine de séquences déclaratives. Ce n'est pas dramatique. Mais ça se prépare.

Le vrai risque : la rupture de continuité

Et c'est là que ça se complique. Le point de friction que je redoute le plus n'est pas la charge administrative, c'est le trou entre deux prescriptions.

Imaginons un arrêt initial qui court jusqu'au vendredi 2 octobre. Le salarié, toujours souffrant, obtient un rendez-vous chez son médecin le mardi 6 octobre, et une prolongation est établie ce jour-là. Que se passe-t-il du samedi 3 au lundi 5 ?

Formellement, le salarié n'est ni en arrêt, ni au travail. L'assurance maladie peut refuser d'indemniser la période non couverte, la caisse examinant les prolongations tardives avec attention. Et vous, employeur, vous vous retrouvez face à une absence non justifiée sur trois jours, avec un salarié de bonne foi et une paie impossible à établir proprement.

Ce scénario était déjà possible avant. Il va devenir beaucoup plus fréquent, mécaniquement, puisqu'on multiplie les points de renouvellement. À mon sens, c'est le point de vigilance numéro un de cette réforme pour les employeurs.

Le contexte : trois évolutions qui se cumulent en 2026

Le plafonnement ne tombe pas isolément. Il s'inscrit dans une séquence de resserrement du cadre des arrêts de travail dont il faut avoir la vue d'ensemble.

Le formulaire papier sécurisé

Depuis le 1er septembre 2025, tout arrêt établi au format papier doit l'être sur le nouveau Cerfa sécurisé, qui intègre sept points d'authentification — étiquette holographique, encre magnétique, papier spécifique. Objectif affiché : couper court au commerce de faux arrêts qui prospérait sur les réseaux sociaux. Conséquence pratique : un arrêt transmis sur un ancien formulaire est rejeté par l'assurance maladie.

Ce qui veut dire, pour vous, que recevoir un volet employeur sur un vieux modèle n'est pas un détail administratif. C'est le signal que le dossier de votre salarié va être bloqué, et que la subrogation ne sera pas honorée. Apprenez à reconnaître le format à l'œil : c'est trente secondes de vérification à la réception.

Les arrêts en téléconsultation

Depuis le 27 juin 2026, les arrêts de travail prescrits par téléconsultation sont limités à trois jours, sauf exceptions prévues par la loi. La principale : le renouvellement au-delà de trois jours reste possible s'il émane du médecin traitant du patient, ou de la sage-femme référente pour une femme enceinte.

Effet observable dès cet été dans les dossiers : la disparition quasi totale des arrêts de cinq à sept jours obtenus en visio auprès d'une plateforme. Les absences courtes se recalent sur trois jours, ou passent par une consultation physique.

Le plafonnement au 1er septembre

Le troisième étage, celui dont nous parlons ici. Pris ensemble, ces trois textes dessinent une même logique : réduire les marges de prescription et remettre le médecin traitant au centre du parcours.

Ce qu'il faut vérifier dans votre paie avant le 1er septembre

Passons au concret. Voici les six points que je fais contrôler dans les dossiers de paie à la rentrée.

1. Le paramétrage de la subrogation. Si vous pratiquez la subrogation, vérifiez que votre logiciel gère correctement des séquences d'arrêt successives et rapprochées. Certains outils raisonnent encore "un arrêt = une période continue" et créent des doublons ou des trous.
2. Le délai de carence. Rappel utile : les trois jours de carence de la sécurité sociale ne se réappliquent pas en cas de prolongation d'un même arrêt. Une prolongation n'est pas un nouvel arrêt. Avec la multiplication des prolongations, l'erreur de re-décompte va devenir un motif de rappel classique. Vérifiez que votre paramétrage distingue bien "prolongation" et "nouvel arrêt".
3. Le maintien de salaire conventionnel. L'obligation légale de l'article L. 1226-1 du Code du travail suppose une ancienneté d'un an et s'applique après un délai de carence de sept jours, sous réserve de dispositions conventionnelles plus favorables. Beaucoup de branches suppriment ce délai ou allongent la durée d'indemnisation. Relisez votre convention collective : c'est elle qui pilote, pas le code.
4. Les compteurs de durée. Le maintien conventionnel s'apprécie souvent par période de douze mois glissants. Avec des arrêts fractionnés, la tenue de ces compteurs devient nettement plus délicate. Assurez-vous que quelqu'un les suit réellement.
5. Les signalements DSN. Un signalement par séquence. Contrôlez vos retours d'anomalie chaque mois plutôt que de les découvrir en fin d'exercice.
6. La visite de reprise. Les règles d'organisation de la visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail restent liées à la durée cumulée de l'arrêt, pas au nombre de prescriptions. Ne relâchez pas la vigilance sous prétexte que l'arrêt a été fractionné.

Un exemple chiffré, pour fixer les idées

Prenons une PME de transport à Bordeaux, 22 salariés, convention collective prévoyant un maintien intégral du salaire pendant 45 jours après un an d'ancienneté, sans délai de carence employeur. Un conducteur rémunéré 2 400 EUR bruts par mois se blesse au dos le 14 septembre.

Scénario nouvelle formule : arrêt initial du 14 septembre au 14 octobre, soit 31 jours. Prolongation du 15 octobre au 15 décembre, soit 62 jours. Nouvelle prolongation ensuite si nécessaire.

Sur les 45 premiers jours, l'employeur maintient le salaire intégral, soit environ 3 600 EUR bruts de maintien, et perçoit les indemnités journalières par subrogation, de l'ordre de 1 500 à 1 700 EUR sur la même période selon le calcul du salaire journalier de base. Le reste à charge net pour l'entreprise avoisine 2 000 EUR, charges patronales comprises. Rien de nouveau sur le fond.

Ce qui est nouveau, c'est que ce dossier va générer trois signalements DSN au lieu de deux, avec deux points de rupture potentiels aux 14 octobre et 15 décembre. Si la prolongation du 15 octobre est établie avec trois jours de retard, vous avez un trou d'indemnisation, un maintien de salaire versé sans contrepartie d'IJSS, et une régularisation à opérer. Sur un dossier, c'est gérable. Sur cinq, c'est votre mois de novembre.

Ce que je recommande de mettre en place

Trois mesures simples, qui ne coûtent rien et qui font la différence.

Premièrement, un tableau de suivi des dates de fin d'arrêt. Une colonne "date de fin prescrite", une alerte à J-5. Votre gestionnaire de paie appelle le salarié, poliment, pour s'assurer qu'un rendez-vous est pris s'il n'est pas en état de reprendre. Ce n'est pas de l'intrusion, c'est de la prévention de contentieux.

Deuxièmement, une procédure écrite de réception des arrêts. Qui reçoit, sous quel délai, qui vérifie le format du Cerfa, qui déclenche le signalement DSN. Une page. Affichée près du poste concerné.

Troisièmement, une note d'information aux salariés, comme évoqué plus haut. La plupart des ruptures de continuité viendront d'une méconnaissance de bonne foi, pas d'une négligence. Informer coûte moins cher que régulariser.

Un dernier mot sur le fond. On peut débattre longuement de l'opportunité de cette réforme — les organisations syndicales ont exprimé leurs réserves, les médecins aussi, chacun avec des arguments recevables. Ce n'est pas mon sujet ici. Mon sujet, c'est que le texte est publié, qu'il entre en vigueur dans huit jours, et qu'un employeur qui n'a rien anticipé va perdre du temps cet automne sur des dossiers qui n'auraient dû lui en prendre aucun. L'anticipation, ici, tient en une note d'information et un tableau de suivi. Autant la faire.